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功能性消化不良的报警症状包括早饱、餐后不适，有时有上腹疼痛或烧灼感，甚至出现恶心、呕吐、进食明显减少伴有消瘦。
消化不良最好的检测方法是通过胃镜来查看胃肠动力情况和黏膜情况，同时还能排除胃肠的一些肿瘤。如果年轻人消化不良没有明显报警症状，可以做碳13呼气试验来判断是否感染幽门螺旋杆菌，如果通过杀幽门螺旋杆菌，功能性消化不良能明显改善，而且维持到六个月以上，患者就不单纯是消化不良而是叫做幽门螺旋杆菌相关性胃炎。