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眼部扁平疣主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素，平时经常可见到扁平疣沿着抓痕分布排列成条索状，这就是外伤可引起传染的一个例子，此外，机体免疫力低下的人也比正常人容易传染到眼部扁平疣。