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淋菌性尿道炎的致病菌是淋病双球菌，可以使用二代以上的头孢菌素来治疗;非淋菌性尿道炎致病菌较广泛，如病菌是衣原体和支原体用大环内酯类抗生素，病菌是大肠杆菌可使用氟喹诺酮类抗生素，还包括一些头孢菌素或中成药等来治疗。