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原发性生殖器疱疹的皮损和全身症状一般于2-3周内消退，男性和女性的平均皮损愈合时间为16.5天和19.5天。在原发性感染的初期，病毒会感染感觉神经或自主神经末梢，病毒由轴索运送到神经节或神经根内的神经元细胞中，形成潜伏感染。