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肛瘘使用抗生素主要依靠脓液的细菌培养和药敏指导用药最为准确有效，在药敏试验报告之前，根据临床经验肛瘘主要是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌感染，所以可选用对这两类敏感的抗生素，比如头孢类、大环内酯类地红霉素等。