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水俣病发病的原因在于机体长时间的摄入甲基汞所污染的鱼类、虾类和贝类等水生物。饮用被有机汞所污染的水体，从而导致患者出现水俣病相应的临床症状表现。
水俣病本质上是慢性汞中毒的一种。该病的发生与环境污染有一定的相关性，因为甲基汞侵入脑神经细胞而引起的一种综合性的疾病。当含有汞的这个污染物进入环境后，通过细菌作用变成甲基汞。甲基汞通过生物蓄积在海产品中大量存在。在临床表现上，患者主要表现为神经精神系统方面的疾病。可以出现意识障碍，性格异常、智力迟钝、发笑、共济失调等症状。对于新生的婴儿，往往在出生后不久便会出现明显的智力障碍、发育异常、痴呆等相关的临床表现。尽管该病的治疗主要是驱汞治疗，但是对症的支持治疗在治疗当中也是相当重要的组成部分，也可以适当的缓解临床症状。
因为机体长时间摄入有机汞，会对机体相应的器官造成长时间的慢性损伤和损害，所以临床治疗的疗效并不理想。