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吃避孕药对女生有一定的危害，主要是对月经、机体代谢、心血管系统、凝血功能以及癌症发生率的影响。
避孕药主要作用机理是通过抑制排卵，改变宫颈粘液性状，改变子宫内膜形态和功能，以及改变输卵管功能来达到避孕作用的。吃紧急避孕药的第一个损害就是会影响到月经的规律，出现月经不调的症状。吃避孕药对机体代谢也会产生影响，部分使用者对胰岛功能有一定的影响，可以出现糖耐量改变，但无糖尿病的征象，停药后可以恢复正常。对脂代谢的影响，目前认为雌激素可以使低密度脂蛋白降低，高密度脂蛋白升高，也可以使得甘油三酯升高，而孕激素可对抗甘油三酯升高，对心脏血管有保护的作用，可以防止动脉硬化。而低密度脂蛋白的升高使得动脉硬化，对心血管不利。因此对有心血管疾病发生存在潜在因素的妇女不宜长期使用口服避孕药。吃避孕药还可能对心血管系统产生影响，长期应用口服避孕药对心血管系统有一定的影响，增加卒中、心肌梗死的发病概率。雌激素可以使得凝血因子升高，用较大剂量的雌激素会对凝血功能产生影响，可发生血栓性的疾病。此外，长期应用口服避孕药是否增加乳腺癌的发生，近年仍有争议，有待进一步的研究。
建议尽量避免长期使用口服避孕药或者频繁口服紧急避孕药进行避孕，以免对身体产生不好的影响。