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甲流引起的咳嗽通常与甲型H1N1等流感病毒入侵所致呼吸道黏膜上皮细胞坏死脱落有关，此时易因黏膜脱落刺激炎症因子，诱发咳嗽反射，出现咳嗽、咳痰等病症表现。甲流引起的咳嗽一般可通过西药或中成药治疗。
西药为抗病毒药物。可直接作用于体内的流感病毒，有利于控制病毒扩散，改善甲流病情，从而实现减轻症状的效用。
不同于西药治疗，中成药侧重于止咳化痰，阻断以气道炎症反应为核心的级联反应链，如具有宣肺泄热，化痰止咳作用的连花清咳片，该药针对甲流发病机制起效，能够减轻气道内炎症因子释放，缓解气道痉挛，稀释呼吸道分泌物，减少分泌物对黏膜刺激，对甲流症见咳嗽、浓痰、发热、咽干、胸闷等症都有较好的改善作用。
在甲流药物治疗期间，需注意保持清淡饮食，适量吃些山药、瘦肉、豆腐、梨子等食物，避免吃辛辣刺激性食物，以免影响胃肠功能，不利于药效吸收。