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甲流引起的咳嗽相较于普通感冒，可能会持续更长时间，这与病毒造成的呼吸道黏膜上皮细胞大量凋亡有关。通常情况下，感染甲流的患者，咳嗽症状可能会持续一至两周，随后再逐渐好转。
甲流病毒感染后可侵犯呼吸道黏膜，易导致大量上皮细胞损害、凋亡，增加气道高反应性，并使气道出现炎性分泌物，发生刺激性的咳嗽反射。由于黏膜上皮细胞修复较为缓慢，故部分甲流患者的咳嗽持续时间会有所延长。如患者身体免疫力较强，止咳药物使用时间较早，可能会帮助缩短病程。但如果患者不仅没有及时用药，平时还爱吃些辛辣油腻的刺激性食物，就可能会加重咳嗽症状，使咳嗽在短期内难以缓解。
如想要尽快消除咳嗽，患者宜及时选用对症药物治疗，如连花清咳片。药理研究证实，该药物可减轻各类病原体所致的炎症因子释放与气道炎症浸润，通过阻断气道炎症，以促进痰液清除，达到保护气道黏膜，减轻上皮细胞受损的目的，多数患者在用药当日即可见咳嗽、咳痰等症状改善，有助于缩短咳嗽持续时间，降低其发作频次。
除此之外，患者还应注意用药期间适量饮水，保持清淡的饮食结构，利于保护气道黏膜。